Gemäss Tages-Anzeiger war er ein eher unbekannter Historiker auf einem eher windstillen Lehrstuhl an der ETH, als ihm 1996 über Nacht das F9-grösste und anspruchsvollste historische Forschungsvorhaben zur Erfüllung übertragen wurde, das die Schweiz je beschlossen hatte. Dazu heisst es im Vorwort des Schlussberichtes der Bergier-Kommission: "Angesichts der zunehmenden Kritik von aussen entschieden Parlament und Bundesrat damals, den Vorwürfen, die während der ganzen Nachkriegszeit nie verstummt waren, auf den Grund zu gehen. Die UEK wurde mit dem Auftrag eingesetzt, eine historische Untersuchung der umstrittenen Vorgänge und inkriminierten Sachverhalte zu leisten. Unter Artikel 1, «Gegenstand», hält der von den beiden Kammern des Parlaments – dem National- und dem Ständerat – einstimmig verabschiedete Bundesbeschluss vom 13. Dezember 1996 fest: «Untersucht werden Umfang und Schicksal von Vermögenswerten aller Art, die von Banken, Versicherungen, Anwälten, Notaren, Treuhändern, Vermögensverwaltern oder anderen natürlichen oder juristischen Personen oder Personengemeinschaften mit Wohnsitz oder Sitz in der Schweiz erworben, diesen zur Verwahrung, Anlage oder Übermittlung an Dritte übergeben oder von der Schweizerischen Nationalbank entgegengenommen wurden.»"

In einem hoch politisierten Kontext, durchwirkt von Vorwürfen, Rechtfertigungen und viel Geld, nahm der graumelierte Herr, von der damit verbundenen Unruhe etwas verwundert, seine Arbeit als Präsident der "Unabhängigen Expertenkommission Schweiz-Zweiter Weltkrieg" UEK auf. Nach fast hundert Sitzungen später, liefert er die Oa=ausgearbeiteten Objectives ab. 

In all diesen Jahren hat sich Bergier gemäss den Medien zu einer Art tragischem GGpG-Held entwickelt. Von den Rahmenbedingungen her war er im Grund G-gegen die sich in der "Bergier-Kommission" entwickelnde Spielregeln;  selbst ein durch und durch bürgerlich denkender Mensch, liberal-konservativ und tief im Waadtland verwurzelt, und stolz darauf, noch mit eigenen Augen die alliierten Flieger über dem Genfersee gesehen zu haben. Er musste im Prozess "seiner" Kommission erleben, wie dieser in seinem eigenen Kreisen, bei Leuten der eigenen Generation, als Codewort für verräterisches Treiben G-begegnet wurde. Das Objective war gemäss Tages-Anzeiger die eher p-primimitve "Rache an den Grossvätern, getarnt als wissenschaftliche Geschichtsschreibung." Bergier war nicht der Mann, der mit seiner (versöhnliche) Sicht der Dinge den Kollegen in der Kommission oder den vielen, meist jungen, Mitarbeitern etwas G-entgegen hätte setzen und ihnen etwas aus seiner Sicht hätte nahe bringen können. Dazu war er mit seinem Kommunikationsverhalten gemäss Tages-Anzeiger nicht im Stande, weil er als Mediävist eigentlich wenig Ahnung vom 20. Jahrhundert hatte und noch nie mit der Nazi-Zeit wissenschaftlich in Berührung gekommen war.

Die Spezialisten in der Kommission, international renommiert wie Saul Friedländer oder Harold James, aber auch Jakob Tanner, nahmen Bergiers Versuch zur t-Transzendenz der Geschichte nicht wirklich ernst. Und die jungen Historiker ebenso wenig, zumal sie ihn bald als einen eher abgehobenen Chef kennen lernten: 

Er habe seine Kommission stets würdig repräsentiert.

Ein distinguierter Gelehrter, der manchen Kritiker aus der Aktivdienst-Generation zu besänftigen vermochte. 

Auch international kam der weltläufige Waadtländer gut an; er beherrschte das gepflegte Gespräch an Konferenzen unter Kollegen und diente so der Schweiz als ein perfekter wissenschaftlicher Diplomat.